Ketika anda membuat subdomain, contohnya blog.domain.com, maka traffic anda akan dihitung sendiri, tidak digabung dengan domain.com. Biasanya ini dibuat untuk tujuan target pasar yang berbeda. Contoh mobil.domain.com , sepeda.domain.com , baju.domain.com.

Tetapi ketika anda membuat subfolder, contohnya www.domain.com/blog, maka perhitungan traffic di subfolder itu akan jadi satu. Ini dilakukan kalau target pasarnya sama.
Jadi tidak ada yang terbaik dalam hal ini, tergantung dari kebutuhan dan kebijakan masing-masing pengelola website.
Referensi: https://www.searchenginejournal.com/subdomains-vs-subfolders-seo/239795/